Первые опытные автобусы РАФ-251 имели броскую отличительную особенность - закрытые колёсные арки переднего и заднего моста. Потом от этих «излишеств» отказались; тем не менее, первые автобусы легко определить по прямоугольной решётке радиатора «в крупную клетку» и эмблеме предприятия вертикальной формы.

На базе ранних версий РАФ-251 было изготовлено несколько опытных нестандартных вариантов. Речь идет о фургоне и о двух грузопассажирских такси с закрытым и открытым грузовыми отсеками (с кузовом типа «пикап»). Закрытый грузопассажирский вариант впоследствии послужил прототипом для серийной модификации автобуса - РАФ-251Т.

Опытный автобус РАФ-251 с грузопассажирским кузовом с открытой грузовой платформой, проходил испытания в качестве грузопассажирского такси и ремонтной летучки.

Серийные автобусы получили новую решетку радиатора. Для более удобного доступа к двигателю и радиатору в лобовой части автобуса появился двухстворчатый люк. Соответственно, отверстий для доступа воздуха к радиатору стало два, по одному в каждой створке. Снаружи эти отверстия были закрыты пятью рядами горизонтальных молдингов. Стёкла салона в обновленных автобусах теперь устанавливались с помощью резиновых уплотнителей. Цельное заднее стекло заменили двумя небольшими окошками. Через некоторое время на автобусах перестали застеклять гнутыми стёклами и задние стойки кузова. Изменились вентиляционные люки на крыше, а также исчезли три фонаря цветового маршрутного указателя над передним аншлагом.